KZGW zakończył proces konsultacji i rozpatrywanie zgłoszonych uwag do projektu KPOWM. W trakcie konsultacji społecznych, które zakończyły się 29 marca 2016 r., instytucje i mieszkańcy zaangażowani w ochronę Bałtyku zgłosili 256 uwag do KPOWM i prognozy OOŚ.​

Głównym zadaniem konsultacji społecznych było nawiązanie dialogu społecznego z interesariuszami Krajowego Programu Ochrony Wód Morskich, a także sprawdzenie, czy zidentyfikowane przez ekspertów problemy, cele i rekomendowane działania, ujęte w opracowywanym projekcie KPOWM, są akceptowalne przez przedstawicieli różnych grup społecznych.

Podczas przygotowania finalnej wersji projektu Krajowego Programu Ochrony Wód Morskich analizowano zgłoszone uwagi, a znaczącą część z nich uwzględniono w dokumencie. Łącznie wpłynęło 256 uwag, spośród których prawie 66% zostało uwzględnionych, a 16 % - uwzględnionych częściowo. Jedynie 17% uwag nie uwzględniono w finalnym projekcie KPOWM, dla których przygotowano odpowiednie wyjaśnienia.

Ponad 150 uwag z konsultacji dotyczyło dokumentu głównego KPOWM, pozostałe dotyczyły w większości załączników do programu, a jedynie kilka uwag trafiło bezpośrednio do treści prognozy OOŚ. Spośród wszystkich przesłanych, aż 244 uwagi to uwagi merytoryczne. Swoje uwagi i propozycje przesłały między innymi Ministerstwo Gospodarki Morskiej i Żeglugi Śródlądowej, Główny Inspektorat Ochrony Środowiska, Ministerstwo Rolnictwa i Rozwoju Wsi, Morska Służba Poszukiwania i Ratownictwa czy Urzędy Morskie w Gdyni i w Szczecinie. 15 uwag do dokumentu zgłosiła również organizacja WWF. Co istotne w przedkładanych opiniach i pismach, jednostki w większości pozytywnie oceniały przygotowany dokument i przeprowadzone w dość krótkim okresie prace analityczne. Zbiorcze opracowanie przekazanych uwag oraz ich analiza, sposób rozpatrzenia i wnioski zostaną przedstawione na stronie www.chronmorze.pl.

KPOWM zostanie przekazany do Ministerstwa Środowiska, a po konsultacjach międzyresortowych - przedłożony do zatwierdzenia przez Radę Ministrów. Przyjęty dokument zostanie wysłany do oceny przez Komisję Europejską. KPOWM będzie katalogiem zaleceń do realizowania przez użytkowników wód i administrację.