Zgodnie z poleceniem Ministra Środowiska, Prezes Krajowego Zarządu Gospodarki Wodnej z dniem 1 kwietnia 2015 r. przejął od Głównego Inspektora Ochrony Środowiska wykonywanie zadań przypisanych ministrowi właściwemu do spraw środowiska dotyczących realizacji zadań wynikających z zobowiązań Polski jako Państwa-Strony Konwencji Helsińskiej, jak również koordynatora Obszaru Tematycznego Biogeny.

Prace Sekretariatu ds. Morza Bałtyckiego, zlokalizowanego w Zespole ds. Strategii Morskiej w Departamencie Planowania i Zasobów Wodnych, skupiały się głównie na koordynacji działań krajowych i wypełnianiu zobowiązań międzynarodowych Polski wynikających z Konwencji Helsińskiej, Strategii Unii Europejskiej dla regionu Morza Bałtyckiego oraz Ramowej Dyrektywy w sprawie Strategii Morskiej.

Sprawozdanie z realizacji zadań Sekretariatu ds. Morza Bałtyckiego za rok 2015